横から失礼致します。 念のため確認していただきたいのですが、 > $> /etc/rc.d/init.d/iptables stop 上記を実行した際、ルートになって実行したでしょうか? 一般ユーザーのままだと、実行権限が無いため実行されないにもかかわらず、なんのメッセージも表示されずに無事実行・終了したかのように見えてしまうのではないでしょうか?